美国《science》杂志不久前刊发了题为《生物科学家架起两岸关系桥梁》的报道，将厦大与台湾大学在乙型肝炎、肝癌领域内的紧密合作视为这一趋势的一个重要标志。目前，厦大正与台湾大学共同起草关于研究生互访和在传染病诊断试剂、治疗等方面的联合研究协议等。
厦大与台湾高校生物医学领域的合作已渐入佳境，各个领域和层面的合作正在全面铺开。2003年，厦大作为主办单位之一的“海峡化学生物学、生物技术与医药发展讨论会”在厦大举行。随后会议在大陆和台湾轮流交替举行，迄今该学术会议已成功举办六届;2008年，厦大与台湾大学、香港大学三校决定每年一次轮流主办“新发传染病联合研讨会”，成为两岸三地传染病研究领域内的常规科学交流活动。同年，台湾大学医学院与厦大国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心迅速在乙型肝炎、丁型肝炎、手足口病、甲型流感等方向上启动了多个联合研究项目，其中部分已延伸到生物医药产业领域。中科院院士、厦大化学化工学院教授赵玉芬与台湾东海大学叶玉堂教授的课题组就过渡金属的新型化合物的配体合成、与台湾清华大学余靖教授课题组就蛋白质的结构与功能分别建立了合作关系。此外，厦门大学生物医学研究院与台湾中国医药大学开展了中医药研发、与台湾中医药界开展了技术及政策信息等课题合作。
从共建研究平台到科研成果的开发与转化，成效初步显现。在生物医学研究领域交流与合作的基础上，厦大与台湾高校的合作逐步向开发和实体领域转变。厦大与台湾工业技术研究院及台北医学大学生物药学研究所两家单位就台湾中药及天然药物的研究与开发达成了初步的合作意向。2008年，国家中医药管理局联合厦门市和台湾有关单位在厦门成立了厦门海峡中医药合作发展中心。厦大作为一支重要力量参与该基地的建设，负责牵头组建科研和教育联盟，协作建设医院联盟，为产业联盟提供技术支持，为政策研究机构提供信息支撑。
