研究所的前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，是中国科学院专门从事亚热带生态环境与区域农业研究的国立研究机构。
研究所主要研究方向为：农业生态系统格局与过程调控、畜牧健康养殖与农牧系统调控技术、作物耐逆境分子生态学机理及其品种选育。
包括亚热带区域农业生态系统格局与发展模式、农业生态系统物质循环调控，作物耐逆境的分子生态学机理、耐逆境杂种优势利用与品种选育、集约型养猪业产品健康与环境安全，亚热带农牧系统草食畜牧业健康养殖等创新研究内容。根据主要研究方向设置了三个研究中心，拥有院省共建的农业生态工程重点实验室，分别在湖南桃源和广西环江部署了两个国家级野外生态试验站。
研究所为硕士研究生提供600元/月的助学金，为博士研究生提供1000元/月的助学金，并为每位在读研究生提供200元/月的研究助理津贴（第二学年起）；对研究生还提供中国科学院奖学金（1/4的学生可择优享受450元/月的奖学金）；招收的研究生均为科学院公费。研究所导师队伍强大，课题经费充足，科研设施完善，工作条件优越，研究生公寓条件舒适，园区环境优美，具有培养研究生的良好的科研、生活环境条件。
招生专业：生态学（博士和硕士点）、动物营养与饲料科学（硕士点）
